新疆作为我国最大的优质棉生产区，已连续20年实现棉花年种植面积、单产、总产和调出量居全国各产棉省第一，至2012年新疆棉花总产已超过全国的50%。2013年8月26～31日，所领导班子主要成员和相关职能部门负责人、育种专家等一行8人对新疆自治区农业厅、新疆生产建设兵团农业局等十余个单位进行了为期一周的深入调研和实地考察。通过考察，所领导认为适时调整我所科研向新疆棉花产业倾斜，是我所作为全国唯一国家级棉花科研机构的职责所在。为此，我所于 2013年9月6日，召开了中棉所新疆发展战略研讨会，全体科技人员、行政副科以上人员和离退休老专家等200余人参加了会议。会议由所长、党委书记李付广主持。
    研讨会上，所领导班子成员、喻树迅院士和成果转化处、栽培室、植保室及育种室负责人共11人分别做了发言和讲话。各位领导、专家围绕机制创新、学科建设、科研力量布局、基地整合与建设、科技成果转化和产业发展等方面做了认真发言。大家一致认为，在当前内地棉区棉花面积逐年减少，新疆棉花肩负我国棉花需求日趋重要的形势下，我所要调整科研力量和研究方向，完善配套机制，重点向新疆倾斜，实现我所向新疆发展的战略转移。
    喻树迅院士在讲话中谈到，全国棉花发展的目标是包括机械化、信息化、智能化在内的快乐植棉。他说，我们要同时开展抗虫棉与非抗虫棉育种，重视机采棉；在重视发展新疆的同时，加强内地棉花发展；充分利用、整合、改进我所在新疆现有科研力量，形成精英科研团队，真正发挥出我所作为国家级棉花科研单位的引领示范作用。
    李付广所长通报了新疆调研考察的情况。他在讲话中指出，我所从建所以来为新疆棉花产业的发展做出了卓越贡献。中棉所12、中棉所19、中棉所17、中棉所35、中棉所36在新疆棉区曾经产生过较大的社会影响。目前，我国棉花市场形势严峻、竞争激烈，如何保持我所棉花品种在新疆的优势地位是我们必须思考的问题。他强调，我所要在新疆实现一体化管理，做到公益和产业并举；借创新工程的契机，整合科研资源，调整科研布局，科研力量适度向新疆倾斜；并进一步加强与新疆的区域合作，与新疆地方、兵团共谋新疆棉花发展大计。他要求全所干部职工要从思想上高度重视新疆棉花产业的发展，从行动上要与新疆棉花产业的发展相吻合、相一致，调整适应新疆棉花品种培育的思路，理顺我所成果转化在新疆的渠道，加强我所科研和成果转化在新疆的力度，加强基地规范化管理。继而通过新疆将我国棉花科技成果辐射到中亚、南亚等国家，打开我所国际合作新局面，加快我所国际合作取得新成效。