农业农村部棉花生物学与遗传育种重点实验室，原名农业部棉花遗传改良重点开放实验室，1996年11月批准成立，2011年7月改用现名。2025年6月通过农业农村部评估，评估结果为“优秀”。

本实验室立足我国棉花产业发展的重大需求，瞄准国内外先进水平和学科前沿，针对棉花产业中存在的优异基因缺乏、育种效率低、周期长、优质原棉不足、高产不高效等关键问题，开展棉花基因组学及遗传多样性研究、棉花品质生物学及功能基因研究、棉花产量生物学及遗传改良研究、棉花逆境生物学及环境调控研究四大研究方向，开展基础和应用基础研究，为棉花基础创新提供源动力，为棉花重大前沿问题的解决提供支撑，为棉花高层科研人才培养和交流提供平台，引领我国棉花生物学和遗传育种领域的科学创新和产业发展。

切实发挥实验室在棉花生物学与遗传育种领域的组织、指导与引领作用，设立学术委员会，实行学术委员会指导下的主任负责制。实验室主任李付广，副主任宋国立和袁有禄。陈晓亚院士任学术委员会主任。现有固定人员为94人，其中高级职称86人，正高职称44人；中级职称8人。研究团队中有国际欧亚科学院院士1人，国家杰出青年基金获得者1人，国家高层次人才特殊支持计划11人，“百千万人才工程”国家级人选10人，国家优秀青年基金获得者2人，中原学者6人等，形成了以院士领衔，以杰青、优青、火炬计划等中青年人才为骨干的人才梯队。

“十四五”期间实验室获得省部级以上奖励3项，共发表论文676篇，其中SCI论文345篇，以第一单位发表本学科领域top5 论文共计17篇，其中在本领域顶尖期刊Nature Genetics、Nature communication发表论文2篇。出版《新疆绿洲高品质棉花生产链技术》、《棉花基因组学》、Crop Mixtures, Ecosystem Functioning, and Mechanisms等学术专著14部；审定中棉所1701、中棉9001、中棉所8301、中棉所1813等棉花新品种85个，其中重大新品种1个；获得国家授权发明专利95项，集成绿色高效植保栽培新产品和新技术2项。

（数据更新截止2025年12月31日）