棉花生物育种及产业技术国家工程研究中心（原“棉花转基因育种国家工程实验室”（2008年7月国家发改委发改办高技[2008]1335号文））是依托中国农业科学院棉花研究所建设的，于2021年12月通过国家发展和改革委员会评估，纳入国家工程研究中心新序列管理（发改办高技[2021]1022号）。

棉花工程中心整合分子生物学、遗传育种学、作物栽培学与耕作学、植物保护学等多个学科力量，设立棉花功能基因挖掘与优化、转基因研发与新材料创制、转基因新品种培育及产业技术研发应用、转基因安全性评价与检测 4 个专业研究室。

棉花工程中心现有综合试验楼18363平方米、600亩标准化试验田和配套齐全的科研仪器设备99台套，其中仪器设备总价值2400余万元，包括荧光显微镜、DNA甲基化分析系统、珠磨细胞破碎仪、旋转蒸发仪、基因枪、快速荧光定量PCR仪、冷冻研磨机、小区播种机、台式恒温摇床、核酸蛋白分析仪、氨基酸分析仪、蛋白质纯化系统等，为实验室科学研究提供了保障。

棉花工程中心以市场为导向，以国家重大需求为目标，重点开展棉花功能基因的挖掘、整合与优化、高效规模化转基因技术体系、转基因棉花种质材料的鉴定与利用、转基因棉花安全性评价与检测等技术创新研究，系统整合棉花转基因研发上、中、下游科技力量，实行优势集成，充分发挥调动全国科研单位积极性，研发、集成、辐射转基因技术成果，并为产业化发展提供信息技术支撑。纳入新序列管理后，棉花工程中心将夯实科技创新和成果转化“两大基石”，重点围绕提高原始创新能力、科技成果转化能力和转化效率的目标，以新技术、新产品为导向，积极开展多学科、多层次协同攻关，推动棉花生物育种产业全面高质量发展，持续提升我国棉花产业的国际竞争力。