据国家自然科学基金委员会项目评审结果，2014年度我所申报项目获得资助4项，其中面上项目1项、青年科学基金3项。截至当前我所国家自然科学基金在研项目24项，经费资助总额达1174万元。
据统计，我所国家自然科学基金项目十五期间共计2项获资助，十一五期间共计5项获资助，十二五期间前4年共计24项获资助（其中国家杰青1项）。
近年来我所逐步加大基础研究推进力度，着力构建研究团队，调整学科结构，加强基础平台体系建设。同时，不断加大对科研工作的支持力度，鼓励科研人员潜心基础研究，调动科技骨干参与科技项目申报的主动性和积极性，国家自然科学基金项目再获资助，将为棉花科技创新工作注入强劲动力。
