2021年12月20日，国家发展和改革委员会发布了纳入新序列管理的国家工程研究中心名单（发改办高技〔2021〕1022号），依托中国农业科学院棉花研究所建设的“棉花转基因育种国家工程实验室”顺利通过评估，并更名为“棉花生物育种及产业技术国家工程研究中心”（以下简称棉花工程中心）正式纳入国家工程研究中心新序列管理。经过本次优化整合评价，全国原有350余家工程研究中心（实验室），仅有191家纳入新序列管理。

棉花工程中心围绕棉花产业安全、有序推进生物育种产业化应用和打赢种业翻身仗等战略需求，按照抢占制高点战略、产业化战略和储备战略的总体布局，对标“四个面向”“两个一流”目标要求，解决棉花产业高质量发展的“卡脖子”关键核心技术，建立起完整的转基因育种研发体系，实现自主基因、自主技术和自主品种的整体跨越，有力支撑了我国棉花产业高质量发展。

纳入新序列管理后，棉花工程中心将进一步夯实科技创新和成果转化“两大基石”，重点围绕提高原始创新能力、科技成果转化能力和转化效率的目标，以新技术、新产品为导向，积极开展多学科、多层次协同攻关，助推棉花生物育种产业全面提质升级，持续提升我国棉花产业的国际竞争力。