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本实用新型公开了一种手持棉花黄萎病茎秆活体取样机包括取样机主体、茎秆活体取样机构、一号茎秆定位机构、二号茎秆定位机构、定位拉杆、活体样品放置框，在取样机主体的中间设置有茎秆活体取样机构，通过自动旋转的弧形刀片切割黄萎病茎秆的一小部分，不需要整棵切下，不会影响棉花的后续生长，在取样机主体上设置有两个茎秆定位机构，通过拉动定位拉杆使得上下两个夹臂将棉花茎秆固定，防止刀片在活体取样过程中棉花茎秆发生移位，保证取样的精确性，在取样机主体的底部设置有活体样品放置框，取样后的茎秆落入活体样品放置框内进行收纳，不需要另行收纳，方便工作人员更加高效的进行活体取样。