本实用新型提供的一种棉籽脱绒装置以及育种系统，包括脱绒杯和脱绒棒；所述脱绒杯的至少一部分内壁设置为摩擦面，或/和，所述脱绒棒的至少一部分表面设置为摩擦面。在上述技术方案中，提供了一种方便进行单株棉籽脱绒的装置，其结构简单，仅包括了用于盛装单株棉籽的脱绒杯和用于搅拌单株棉籽的脱绒棒。
