本实用新型涉及一种裸苗自动分苗器,包括:双列直板,设于基板之上,顶部设有若干落苗槽;苗箱,为一中空腔体,内有若干折苗板,设于所述双列直板之上,相对所述双列直板的长度方向做往复运动,底部设有裸苗落入口,苗箱内的裸苗通过所述裸苗落入口落入所述落苗槽内。本实用新型的优点在于,能够对成束或成排的裸根棉花幼苗实现自动分苗,提高了移栽效率,节省了人员和人力。