本发明公开了GhMAH1蛋白及其编码基因在调控棉花纤维长度中的应用。本发明从陆地棉长纤维材料Msco‑12中克隆得到棉花GhMAH1基因,成功构建了病毒诱导GhMAH1基因沉默载体,并转化Msco‑12棉花,获得5个GhMAH1基因沉默棉花阳性单株。5个GhMAH1基因沉默棉花阳性单株成熟棉纤维平均长度为22.20mm,而3个对照单株棉纤维平均长度为25.47mm,与对照相比,GhMAH1基因的表达被抑制后,棉纤维平均长度显著降低了12.83%。说明GhMAH1基因可调控棉纤维长度,在改良棉花纤维品质及棉花育种中具有重要价值。