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本发明涉及分子检测领域，特别地关于用于鉴别杂交棉品种中棉1279的SSR引物对及其产品以及鉴别方法。用于鉴别杂交棉品种中棉1279的SSR引物对，包括以下中的任一种或多种：NAU2836上下游引物、BNL3255上下游引物、NAU1233上下游引物、NAU2671上下游引物、NAU1070上下游引物、CIR043上下游引物、BNL1154上下游引物、NAU3675上下游引物。本发明以共设计182对引物，对检测物进行PCR扩增，待检测物包括杂交棉品种中棉1279与10个棉花品种，进而将不同的棉花品种进行比较，筛选得到鉴别杂交棉品种中棉1279的特异性上下游引物，这些上下游引物特异性强，很好的将杂交棉品种中棉1279与其他品种区分。