本发明属于农业生物技术领域,具体涉及棉花抗黄萎病相关蛋白GhMAPK13及其编码基因和应用。棉花抗黄萎病相关蛋白GhMAPK13,其氨基酸序列如SEQ ID No.1所示,其编码基因的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明基因GhMAPK13的表达与棉花抗黄萎病呈正相关,可通过基因工程用于选育棉花抗病品种。