本发明属于农业生物技术领域,具体涉及棉花抗黄萎病相关基因GhHMGB2的应用。本发明的棉花抗黄萎病相关基因GhHMGB2,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明的基因GhHMGB2的表达与棉花抗黄萎病呈正相关,可作为通过基因工程选育棉花抗病品种的候选基因。