本发明涉及分子育种技术领域,具体涉及一种来自海岛棉海1与纤维长度有关的分子标记及其应用。所述分子标记为CGR6381150、HAU0734210和CGR5151140。本发明有助于克服现有育种技术对纤维长度鉴定存在的不足,能提高纤维长度的选择效率,加快优质新品种的培育进程。