本发明公开了一种鉴定棉花叶蜜腺性状的InDel标记引物及其应用，所述InDel标记引物包括引物NEC1‑F和引物NEC1‑R，引物NEC1‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2，引物NEC1‑R的核苷酸序列SEQ ID NO.3所示。本发明以亚洲棉有叶蜜腺材料为父本，亚洲棉无叶蜜腺材料为母本，杂交得到F1，使F1自交得到F2，并以确定叶蜜腺性状的F1和F2群体为样本，群体基因组混池重测序分析确定与叶蜜腺关联的候选区间，并利用perl脚本在信号区间内共开发InDel标记36对，经合成之后利用聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选，结果显示有1对InDel标记在有叶蜜腺和无叶蜜腺材料中表现出多态性，对应的NEC1‑F/NEC1‑R引物在有/无叶蜜腺棉花材料中表现出了紧密连锁的关系。
