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本发明提供一套用于龟纹瓢虫多样性分析的SSR引物，所述SSR引物选自以下19对引物pro444、pro524、pro3422、pro4078、pro3621、pro3595、pro6393、pro8136‑3、pro8823、pro1546、pro1582、pro5238、pro1517、pro1600、pro523、pro322‑2、pro3848、pro5087和pro8461中的至少一个。本发明还提供所述SSR引物在龟纹瓢虫遗传多样性、遗传结构及谱系地理格局分析中的应用。本发明提供的SSR引物具有特异性强、扩增结果稳定、各位点间不存在连锁不平衡现象、多态性高等特征，这些分子标记可应用于龟纹瓢虫种群遗传、系统进化、基因定位、分子鉴定等相关领域。