本发明涉及分子育种技术领域,公开了一种同步改良棉花黄萎病抗性、纤维品质和产量性状的分子育种方法。所述一种同步改良棉花黄萎病抗性、纤维品质和产量性状的分子育种方法,所用SSR分子标记为NAU3665240bp。本发明有助于克服现有育种技术对黄萎病抗性、纤维品质和产量表型性状鉴定存在的选择准确性差、效率低、周期长、成本高等许多不足,能同步改良黄萎病抗性、纤维品质和产量性状,提高选择效率,加快优质高产抗病新品种的培育进程。