本发明公开了与棉花隐性芽黄基因v1紧密连锁的SSR标记及其应用。本发明提供了用于鉴定芽黄棉花的成套引物，所述SSR标记VS2的引物对VS2由序列表序列1和序列2所示的单链DNA组成；所述SSR标记VS14的引物对VS14由序列表序列3和序列4所示的单链DNA组成；所述SSR标记VS18的引物对VS18由序列表序列5和序列6所示的单链DNA组成。本发明提供的引物对VS2和/或引物对VS14和/或引物对VS18还可用于鉴定或辅助鉴定芽黄棉花，且不受棉花品种的限制。本发明在棉花隐性芽黄基因v1的克隆、芽黄棉花育种方面具有重要意义。
