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本发明涉及棉花育种领域，具体而言，涉及一种棉花不育株的筛选方法，选择雄性不育系棉株的花蕾，剥取花粉囊，破开所述花粉囊，观察散粉情况，判断该棉株是否为不育株。现有的方法一般是通过开花期观察开花当天花朵有无散粉情况来判断，由于棉花个体之间的生长势差别很大，开花时间不统一，浪费时间；并且，棉花开花时棉株已经生长很大，筛选出的可育株拔除时已经浪费大量水肥资源。发明人经观察并进行相应的试验，得到，在棉花开花前的20天左右，将花蕾剥取花粉囊，通过花粉囊内的散粉情况可以判断棉株是否为不育株，节约了时间，同时也节省了水肥资源，为两系杂交棉的推广应用提供良好的基础。