本发明公开了一种与哈克尼西棉雄性不育恢复基因连锁的InDel分子标记及应用。该分子标记为5’‑TAGAAGACTGGA‑3’，它位于恢复系基因Gh_D05G3392的启动子区域距起始密码子1247bp的位置，其InDel分子标记引物如SEQ ID NO.1‑2所示。采用该InDel分子标记引物即可通过简单的PCR、聚丙烯酰胺凝胶电泳等操作有效鉴定材料中恢复基因的存在与否及是否纯合，从而加快了田间棉花细胞质雄性不育新恢复系材料的选育，并保证了棉花恢复系的种子纯度。
