本发明公开了与陆地棉D08染色体纤维强度相关主效QTL紧密连锁的SNP位点及应用,该陆地棉纤维强度主效QTL位点qFS‑D08‑1、qFS‑D08‑2和qFS‑D08‑3均位于染色体D08上,LOD值在10.299和13.774之间,可解释13.917%‑17.148%的表型变异。本发明所述的SNP分子标记是以陆地棉稳定的RIL群体为材料,通过简化基因组测序(GBS)的方法得到。本发明所公开的这些QTL和SNP分子标记可用于分子标记辅助选择育种,可有针对地选择与改进陆地棉品种的纤维强度,显著提高高强品系的选择效率,缩短育种周期。