本发明公开了与陆地棉枯萎病抗病相关的SNP分子标记及其应用。本发明首先公开了检测棉花基因组中SNP标记的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定待测棉花对枯萎病抗性中的应用；所述SNP标记为位于棉花基因组D03号染色体第2259240位核苷酸，其核苷酸种类为A和C。本发明进一步公开了鉴定或辅助鉴定待测棉花对枯萎病抗性的方法。本发明所提供的SNP标记可用于棉花枯萎病抗病性的早期预测，还可以用于棉花遗传背景分析和筛选，以及棉花抗枯萎病分子标记辅助选择育种，具有广阔的应用前景。
