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本发明公开了用于构建陆地棉品种指纹图谱的SSR引物及其应用，属于陆地棉品种的分子生物学鉴定领域。本发明根据GenBank dbEST数据库及专业棉花数据库CMD上释放获得的棉花EST序列数据设计并初步筛选获得268对SSR引物。本发明利用中棉所6个杂交种的6对亲本对所设计引物的扩增效果进行筛选，结果其中有106对引物具有差异效果。本发明进一步对上述106对引物进行筛选，选出差异较为稳定、多态性好的15对核心引物，加上一对Bt基因特异引物，用于构建棉花品种的特异指纹图谱或构建国审陆地棉品种分子身份证。本发明还公开了所述的SSR引物在构建陆地棉品种分子身份证或者构建陆地棉品种指纹图谱中的应用。