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本发明涉及棉花衣分性状分子生物学领域，特别涉及与棉花衣分性状显著相关的基因、SNP标记及其应用。与棉花衣分性状显著相关的基因，为基因Gh_D05G1124和/或Gh_D05G0313。本发明以276份陆地棉材料为材料，种植于多个环境中，采用CottonSNP63K基因芯片进行基因分型，共获得10660个高质量的SNPs，用于遗传结构分析和GWAS。结果共发现23个与衣分性状显著相关的SNPs，对应15个QTLs。另外，通过qRT‑PCR分析，确定了Gh_D05G1124和Gh_D05G0313为调控衣分性状的候选基因，并得到与衣分显著相关的SNP标记，为棉花衣分性状的研究和应用提供理论支持。