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本发明属于分子生物学领域，公开了一种与陆地棉AS98矮化性状紧密连锁的分子标记及应用，该分子标记位于D12染色体上，使用该分子标记的特异性引物对能扩增出120bp的产物，所述特异性引物对正向引物序列如SEQ ID No.1所示，所述特异性引物对反向引物序列如SEQ ID No.2所示。本发明找到了鉴别陆地棉矮化材料AS98突变体及野生型的一对引物。在陆地棉AS98与野生型LHF10构建的F2群体中能解释90％以上的表型变异。可用于陆地棉AS98矮化品种的分子标记辅助选择以及图位克隆，为揭示棉花矮化机理、培育矮化新品种提供一定的理论依据。