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本发明提供一种棉花种质耐碱鉴定的方法，包括：将棉花种子脱绒处理；依次用双氧水浸泡、无菌水冲洗；无菌水浸泡催芽；(2)对“露白”种子进行碱胁迫处理，清水做对照，考察两种处理下的胚根成活率，进行耐碱性综合评价；以中9807作为鉴定对照材料计算胚根相对成活率，得到棉花种质耐碱评价标准；(3)对待鉴定棉花种质进行预处理，碱胁迫处理，考察其胚根成活率，计算胚根相对成活率，根据棉花种质耐碱评价标准，鉴定棉花种质的耐碱级别。碱胁迫处理的条件为：25mM Na的碱性条件下处理5d。本发明采用胁迫发芽法对棉花种质进行室内耐碱性鉴定，周期为5天，试验周期短，不受外界气候条件限制，不需花费大量试验费用，建立了一种经济的、方便快速的棉花耐碱鉴定方法。