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本发明公开了一种筛选棉花抗旱相关基因的方法。本发明所提供的方法包括：(1)设置如下实验组和对照组：实验组：对待测棉花进行干旱胁迫处理；对照组：对所述待测棉花不进行干旱胁迫处理；(2)检测并比较所述实验组和所述对照组中所述待测棉花的基因组DNA的甲基化水平和/或模式，找到两组中甲基化水平和/或模式存在差异的基因，即为或候选为与棉花抗旱性相关基因。本发明利用MSAP技术分析陆地棉幼苗在干旱胁迫下的甲基化和/或模式变化差异，分析胁迫前后CCGG位点胞嘧啶甲基化水平和/或模式的变化，利用甲基化差异片段来搜索抗旱相关基因，可以为棉花抗旱表观遗传调控机制研究和抗旱相关基因筛选提供依据。