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本发明涉及强优势杂交棉优异亲本检测领域，特别涉及用于辅助选择棉花优异亲本遗传背景的SNP标记及其检测方法。用于辅助选择棉花优异亲本遗传背景的SNP标记，为以下中的任一种或多种：A06染色体上的1824659 bp位置的GG、A12染色体上的81174157 bp位置的AA、D03染色体上的35924124 bp位置的TT、D05染色体上的30704984 bp位置的TT、D11染色体上的4947923 bp位置的CC。本发明提供的该SNP标记，通过高通量测序分析得到，利用HRM技术进行鉴定，方法简便快捷，鉴定结果稳定可靠，大幅度提高遗传背景的选择效率和准确性，显著缩短优异亲本的培育年限。