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本发明涉及分子育种技术领域，具体涉及来自海岛棉海1与纤维强度、长度、马克隆值有关的分子标记及其应用。所述分子标记为NAU5421和NAU2325。其中，NAU5421与棉花纤维强度QTL位点qFS-C14-1和纤维长度QTL位点qFL-C14-1同时紧密连锁，NAU2325与棉花纤维马克隆值QTL位点qFM-C17-1紧密连锁。qFS-C14-1 和qFL-C14-1同时位于染色体C14上的同一位置，qFM-C17-1位于染色体C17上。本发明有助于克服现有育种技术对纤维品质鉴定存在的不足，能提高纤维强度、长度、马克隆值的选择效率，加快优质新品种的培育进程。