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本发明提供一种鉴定棉花苗期耐盐性的方法，利用非损伤微测技术测定盐胁迫下棉花幼苗胚轴和叶肉组织中Na离子流，同时结合盐胁迫下棉花幼苗胚轴和叶肉组织中GhSOS1基因的表达情况，从而区分耐盐性差异的棉花种质材料。本发明以4个耐盐性差异显著的棉花品种为材料，利用沙壤土为培养基质，种植在人工培养箱中，研究盐协迫下各品种各项生理指标，同时采用非损伤微测技术和qRT-PCR技术，测定了盐胁迫条件下Na离子流以及Na运转基因GhSOS1的变化情况。结果表明，盐胁迫下不同耐盐性棉花品种在Na吸收动态变化趋势上具有明显差异，可以利用Na离子流以及Na平衡相关基因的差异快速、准确地鉴定棉花品种的耐盐性，具有一定的实用价值。