本发明公开了一种棉花细胞质不育系高效制种方法,该方法在隔离区内,将棉花不育系与恢复系(两者一个性状为光子一个性状为毛子,其中具有毛子性状的需脱绒成光子)等量混合播种,在自然状态下无需人工辅助授粉,待棉花吐絮后收获所有棉花上的子棉并晒干,进入轧花脱子后将F1代毛子和光子分离开即可获得生产商品棉的种子。本发明中,不育系与恢复系分别选择了具有可分离的一对相对性状的光子和毛子(播前脱绒成光子)进行等量混合播种,区别于现有的隔行播种制种方法,等量混合播种棉花株与株之间的距离较近,叶搭叶,媒介小昆虫自然传粉,无需人工干预制种效率较高,只需简单的物理分离就可轻松获得杂交F1代种子,实现了细胞质不育系的高效制种。