本发明涉及植物病理学，具体地涉及棉花的内生真菌CEF-714及其在棉花黄萎病防治中的应用。CEF-714能够在人工培养基上培养，容易获得和培养，以利于工厂化生产和推广应用。室内抑菌试验表明，CEF-714的代谢产物对棉花黄萎病菌的抑制效果达100%，其产生的挥发性代谢物对棉花黄萎病菌的抑制效果为77.5%。温室试验结果表明，25%的CEF-714培养滤液浸种对棉花黄萎病的防治效果为60.6%，对黄萎病有显著的控制作用，与生产上应用较多的枯草芽孢杆菌相比，防治效果提高34.7%左右，对作物生长无毒负作用，对人畜、昆虫和作物安全，环境友好。