专利信息：本发明公开了一种检测待测制种农户制备的棉花杂交种中是否有自交种的方法。 本发明提供的方法，包括如下步骤：（1）从制种农户的制种棉田里的随机抽取待测棉铃；（2）随机抽取步骤（1）得到的棉铃中的棉籽；（3）分别提取步骤（2）得到的棉籽的种皮的基因组DNA和种仁的基因组DNA；（4）分别以步骤（3）得到的种皮的基因组DNA和种仁的基因组DNA为模板，采用SSR引物对进行鉴定，得到种皮指纹图谱和种仁指纹图谱；如果某一待测棉铃中，抽样检测的所有棉籽的种仁指纹图谱与种皮指纹图谱一致，该棉铃为自交铃。本发明具有很大的实用价值和推广价值。