本发明涉及作物育种技术领域,尤其涉及一种改良小麦雄性不育系的方法及其应用。所述方法包括:以小麦显性核不育基因Ms2控制雄性不育的改良矮败小麦为母本,以优异小麦品系为父本进行杂交;选择杂交后代中的矮杆植株,以所述优异小麦品系为固定轮回亲本连续回交多代。本发明充分利用原有矮秆雄性不育系的矮秆性状筛选有效去除杂种,快速确定雄性不育株,加速新型雄性不育系的改良。改良的矮秆雄性不育系可为新的矮秆雄性不育系选育提供种质资源,并能在生产中大大降低在人工去雄的成本,大量组配杂交组合,加速优异新品种选育进程,提供快速选育高产多抗小麦的新途径。