本发明公开了一种棉花多目标性状相关单体型筛选方法及应用，包括以下步骤：(1)从田间取得的若干个陆地棉材料的嫩绿叶片提取其总DNA；(2)将上述DNA与illumina棉花SNP芯片进行芯片杂交；(3)获得所述陆地棉材料的SNP标记基因型及其基因组位置，获得陆地棉基因组26条染色体的连锁不平衡衰退距离；(4)获得陆地棉基因组的单体型草图及其标签标记信息；(5)获得与棉花不同目标性状表型显著关联的SNP标记；最终获得与棉花多个不同性状相关的单体型。并将其用于棉花产量、品质、熟性及抗病性的协同改良。本发明对于创制高产优质多抗的棉花育种新材料，培育高产、优质、多抗的棉花新品种具有重要的意义。
