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Genomic analyses reveal the genetic basis of early maturity and identification of loci and candidate genes in upland cotton (Gossypium hirsutum L.)

  • 期刊名称Plant Biotechnology Journal
  • 发表年份2021
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  • 添加时间2021年09月18日

论文简介:本研究利用收集的436份国内外变异广泛的陆地棉材料,采用全基因组重测序方法,构建了群体的SNP变异图谱,通过对包含136份早熟棉资源在内的356份陆地棉材料进行深度重测序,并结合公共数据库中的80份陆地棉材料共获得了10,118,884个高质量的SNPs。利用全基因组关联分析(GWAS)鉴定到控制陆地棉早熟性的307个显著遗传位点和重要调控基因。两个早熟遗传热点区域位于 D03和A05 染色体,共包括88.92%的关联位点。其中在D03号染色体发现与标记rsD03_39122594紧密连锁的棉花早熟候选基因Ghir_D03G011310,并发现其在短季棉育种历程中受到了强烈的人工选择。在A05号染色体发现Ghir_A05G017390和其在 Dt亚基因组中的同源基因与果枝始节位高度和株高显著关联。通过病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术发现抑制Ghir_A05G017390在“中棉所50号”中的表达可以影响植株高度。本研究中鉴定的在现代育种过程中受选择的棉花早熟性位点和基因,为将来棉花品种改良提供了理论依据。

原文链接:https://doi.org/10.1111/pbi.13446