本发明公开了一种植物双元表达载体。该植物双元表达载体是按照如下方法得到：在出发载体pBI121中构建荧光蛋白报告基因表达盒和外源基因表达盒；所述外源基因表达盒由启动子、内含子和终止子依次连接而成，所述启动子与所述内含子之间具有若干个酶切位点，所述内含子与所述终止子之间具有若干个酶切位点；构建得到的植物双元表达载体中其它位置的酶切位点与所述内含子两侧的酶切位点均不相同。本发明所构建的植物双元表达载体可用于植物转基因过表达研究和RNAi研究；所述植物双元表达载体具有EGFP报告基因，可以方便的进行转基因植株的检测；所述植物双元表达载体具有卡那霉素抗性基因，卡那霉素抗性基因较为安全，可以高效的进行筛选和生产的应用。